Los objetivos del IBAC son los siguientes:
- Generar conocimientos útiles para el desarrollo agrícola equitativo y sostenido de la región Caribe colombiana.
- Gestionar activos intangibles (patentes, registros, secretos, etc.) para generar beneficios institucionales y el aprovechamiento de los resultados obtenidos por parte de la sociedad.
- Proponer y desarrollar investigaciones relacionadas con la conservación, valoración y aprovechamiento de los recursos fitogenéticos autóctonos e introducidos de la región Caribe.
- Promover y conducir investigaciones para aprovechar amigablemente la biodiversidad en la obtención, liberación y comercialización de nuevos genotipos.
- Realizar estudios de bioprospección de nuevas especies alternativas agrícolas promisorias.
- Conformar alianzas estratégicas y redes de colaboración e investigación en las áreas de trabajo a nivel regional, nacional e internacional.
- Apoyar la formación de recurso humano calificado en los niveles de pregrado, maestría y doctorado mediante la realización de actividades de docencia e investigación.
- Documentar, digitalizar y poner a disposición de la comunidad toda la producción científica y tecnológica generada en el instituto.
- Prestar servicios por oferta y demanda de investigación, asesorías, consultorías, capacitación, pruebas de evaluación agronómica, producción de semillas, etc., que permitan la transferencia de la tecnología generada y la generación de recursos propios.
- Organizar eventos de capacitación, extensión y transferencia de tecnologías para afianzar la apropiación social del conocimiento generado.