El IBAC se enmarca dentro de los programas y líneas institucionales de investigación definidas mediante acuerdo 064 de 2017, integrando las directrices en un programa consolidado denominado DESARROLLO REGIONAL Y SOSTENIBILIDAD AMBIENTAL CON ÉNFASIS EN SISTEMAS DE PRODUCCIÓN Y SEGURIDAD ALIMENTARIA, el cual se implementa mediante la ejecución de las siguientes líneas institucionales de investigación:
- Procesos biotecnológicos.
- Sistemas de producción agroalimentarios y recursos hidrobiológicos.
- Biodiversidad, conservación y sostenibilidad de los recursos ambientales.
De estas se derivan sublíneas o temáticas de investigación definidas por la particularidad de las investigaciones y proyectos que se desarrollan tales como fitomejoramiento, botánica, cultivo de tejidos, biología molecular, fisiología vegetal, entomología, fitopatología, fertilidad de suelos, etc.