En marzo de 1964 fue nombrado como primer rector de la Universidad de Córdoba el doctor Elías Bechara Zainúm, por parte del gobernador de esa época, doctor Germán Bula Hoyos. Las primeras oficinas funcionaron en el segundo piso de la Escuela de Bellas Artes de Montería. Se inició el proceso de admisión con inscripciones para los dos Programas, presentándose 50 estudiantes para el programa de Ingeniería Agronómica y 51 para Medicina Veterinaria y Zootecnia, de los cuales 65 pasaron los exámenes de ingreso y la entrevista.

El 6 de abril de 1964, y bajo la emblemática frase “Se ha encendido una antorcha. Que no se extinga” se iniciaron las clases, siendo designados como Decanos Julio César Cervantes Lagares de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia, y Hernando Rodríguez Romero de la Facultad de Ingeniería Agronómica.

El cuerpo profesoral se conformó con diferentes profesionales de la ciudad que aceptaron ad honorem dirigir las clases del naciente proyecto. Fueron ellos; Limberto Sáenz Alarcón, Hernando Rodríguez Romero, Eduardo Blanco Niño, José Londoño, Julio Badel, Orlando Mendoza, Manuel H. Iriarte y José Venancio Palacios, para Ingeniería Agronómica; y Julio Cervantes Lagares, Leopoldo Martínez Granados, Mario Giraldo, Miguel Fadul, Marcos Díaz Castillo y Rafael Caneda Bossa, para Medicina Veterinaria y Zootecnia.

Luego el cuerpo de docentes se apoyaría en los profesionales que laboraban en la granja experimental del Centro de Investigaciones Turipaná, del Instituto Colombiano Agropecuario ICA el cual había creado en el año de 1962 y se encuentra situado en el municipio de Cereté. De éstos se recuerdan los nombres de Clímaco Casalett, Libardo Escobar, Reynaldo Rubio, Jaime Vergara, Alfredo Serrano y Luis Carlos Caraballo. La Granja de Turipaná contaba entonces con muchos programas que incidieron notablemente en los primeros años de formación de la Universidad de Córdoba, entre los que se recuerdan los de arroz, suelos, pastos y forrajes, maíz y sorgo, certificación de semillas, hortalizas y frutales, leguminosas de grano, entomología y malezas, producción de cosechas, ganado de leche, ganado de carne, porcinos y medicina veterinaria.

En 1965 la Universidad Nacional de Córdoba se traslada a los recintos de la Plaza de Ferias, lugar donde se realizaban las ferias exposiciones de ganados en la salida hacia el municipio de Cereté. Este traslado marca un hito porque consolida a la Universidad de Córdoba como un hecho irreversible en el panorama educativo de Córdoba y es aceptada sin reservas por la sociedad monteriana, que hasta ese momento era escéptica sobre los propósitos que animaron a su creación, y además por la puesta en marcha ese mismo año de la Escuela de Bachilleres Topógrafos, creada mediante acuerdo del Consejo Académico No. 002 del 5 de febrero de 1.965. Esta escuela tuvo vida propia hasta el año 1977, cuando fue absorbida por el Programa de Ingeniería Agronómica.

En el año 1966 el Congreso de República expidió la Ley 37 por medio de la cual se le da a la Universidad de Córdoba el carácter de entidad autónoma y descentralizada, regida por el decreto ley 0277 de 1958, que reglamentaba la orientación de las universidades departamentales. En el año de 1970, mediante una sentencia del Consejo de Estado, se le da el carácter nacional a la Institución por haber sido creada mediante Ley de la República, condición que se mantiene en la actualidad y que se puede considerar afortunada para garantizar los recursos financieros para su funcionamiento.

En 1968 la Universidad se trasladó a su actual ubicación, en la Finca Nueva York, kilómetro 3 vía a Cereté. Este año fueron creados los Estudios Generales, una modalidad académica establecida para las dos facultades, como una manera de racionalizar y usar mejor los recursos de docentes y el tiempo de los estudiantes. Estos debían cursar durante el primer semestre las mismas asignaturas. Se creó la Oficina de Registro y Admisiones e inició el programa de Licenciatura en Biología y Química, en respuesta a la necesidad de cualificación a nivel superior de los maestros egresados de las Escuelas Normales que existían en el Departamento de Córdoba.

La década de los años 70 marca el inicio del trascurrir histórico de la Universidad. Se comienza a crear las diferentes dependencias académico-administrativas para el desarrollo misional como ente educativo de formación profesional. Con la conformación de las dos facultades se crean otras unidades administrativas como el Departamento Central de Ciencias y Humanidades, creado en 1971. Se crea el Centro de Investigaciones Piscícolas Continental – CINPIC – bajo la dirección del investigador Húngaro Andrés Flandorffert, profesor e investigador de paquetes tecnológicos de los peces nativos de agua dulce. Este Centro comenzó sus actividades bajo este mismo enfoque y se convirtió en el pionero en la investigación en la Universidad de Córdoba y referente nacional e internacional de la investigación piscícola de especies continentales.

Con el surgimiento del Centro de Investigaciones Piscícolas (CINPIC) en el año 1971 se inicia en la universidad de Córdoba la investigación aplicada al manejo, reproducción y cultivo de especies ictiológicas nativas. Posteriormente, la investigación se desarrolla fundamentalmente bajo la gestión, coordinación y dirección del Centro de Investigaciones de la Universidad de Córdoba (CIUC), creado en 1983 mediante Acuerdo 001 del Consejo Superior.  Con la creación del CIUC se institucionaliza la investigación, se asignan recursos y se promueve la presentación, financiación y cofinanciación de proyectos.  Igualmente se ha contado con el apoyo y asesoría de Colciencias a través del programa Nacional de Ciencia y Tecnología. Es de anotar, que la dinámica propia de cada uno de los programas académicos y de ciertos núcleos de investigación con alguna tradición en la Universidad han posibilitado la organización y proyección de las líneas de investigación, las cuales constituyen el punto de partida para la definición de políticas que permitieron identificar y consolidar programas de investigación estratégicos e interdisciplinarios articulado a la demanda de soluciones a los problemas del entorno regional. Hoy, estos programas se desarrollan como parte sustancial de la actividad académica – investigativa en cada una de las facultades.  Los resultados de los trabajos de investigación realizados, crearon la necesidad de publicación, hecho que se refleja en la aparición en primera instancia de la “Revista Universidad de Córdoba” y “Proyección Investigativa”, publicaciones institucionales de la Rectoría y el CIUC respectivamente. Después ante la necesidad de publicar nuevos trabajos de investigación, aparecen las revistas de cada Facultad: Revista Temas Agrarios, publicación de la Facultad de Ciencias Agrícolas, MVZ Córdoba, órgano de divulgación de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia, Milenio, Revista de la Facultad de Ciencias Básicas e Ingenierías, Educación y Universidad,  Revista de la Facultad de Educación y Ciencias Humanas, Revista Salud,  órgano oficial de la Facultad de Ciencias de la Salud.

En 1972 se crea la Facultad de Ciencias de la Educación y se adscriben a ella los programas de Licenciatura en Biología y Química que ya venían funcionando en la universidad, posteriormente, el Consejo Superior Universitario mediante el Acuerdo 0032 de agosto 5 de 1988, modifica el nombre por el de “Facultad de Educación y Ciencias Humanas”.  Se inician los programas de Licenciatura en Matemáticas y Física y Ciencias Sociales.  Esta facultad maneja actualmente los siguientes programas de pregrado, Licenciaturas: Ciencias Sociales, Educación Física, Recreación y Deportes; Informática Educativa y Medios Audiovisuales; Español y Literatura, Idiomas extranjeros con énfasis en Inglés, Educación Artística, Ciencias Naturales y Educación Ambiental modalidad a  distancia y Modalidad Presencial; Educación Infantil modalidad a Distancia, Especialización en Actividad Física y Salud, Maestría en Educación y Maestría en Ciencias Sociales . En 1975 se crea el Preescolar de la universidad, el cual cumple la función de acoger a los hijos de trabajadores y estudiantes, al tiempo que es un lugar de práctica de  los programas de Licenciatura de la Facultad de Educación, hoy funciona en convenio con el Municipio de Montería, adscrito como sede educativa del colegio Inem Lorenzo María Lleras, Continúa como lugar de práctica de la Facultad de Educación, acompañado pedagógicamente por el departamento de Psicopedagogía, este centro educativo cumple una función de proyección social de la universidad, dado que acoge además de los hijos de estudiantes y trabajadores, a los niños y niñas de los barrios aledaños a la universidad. En este mismo año se dio comienzo al “Plan Extramuros” en la ciudad de Sincelejo, con los programas de Licenciatura en Matemáticas y Licenciatura en Ciencias Sociales, mediante convenio con el gobierno del Departamento de Sucre.  Este convenio existió hasta la creación de los mismos programas en la Universidad de Sucre en el año 1981.

En el año 1975 se crea el programa de Enfermería General e inicia labores la Facultad de Enfermería, creado mediante acuerdo No 116 del 13 de junio del mismo año, la cual posteriormente se denominó Facultad de Ciencias de la Salud. En 1979 el ICFES ordena estructurar el currículo del programa de acuerdo con las disposiciones del decreto 42667 de 1976; en 1980 el ICFES autoriza otorgar el título de “Tecnólogo en Enfermería” a los egresados que aprobaran un examen de estado, esta aprobación es renovada periódicamente hasta 1987, cuando el ICFES autoriza la transformación del programa tecnológico a programa de “Formación Universitaria en Enfermería” y otorgar el título de Enfermera(o).

En 1976, mediante la Ley 3a, se creó el Instituto Universitario Lácides C. Bersal (INSTUL), con sede en Lorica, el cual funciona como un Campus de la Universidad de Córdoba. Inicia con la oferta de los programas de Acuicultura y Licenciatura en Español. Actualmente se desarrollan los siguientes programas de pregrado: Ingeniería de Sistemas, Administración de los Servicios en Salud, Administración en Finanzas y Negocios Internacionales, Licenciatura en Ciencias Naturales y Educación Ambiental y Licenciatura en Educación Infantil.

En 1983 el Programa de Enfermería es afiliado como unidad académica a la Asociación Colombiana de Facultades de Enfermería “ACOFAEN”. A principios de la década del 90 se inicia el proceso de autoevaluación con participación de todos los estamentos y con el acompañamiento de la Asociación Colombiana de Facultades de Medicina “ASCOFAMEN” quien lideraba en ese entonces el gran programa de desarrollo educacional con enfoque en atención primaria en coordinación con ACOFAEN, ACFO, Ministerio de Educación, Ministerio de Salud, ICFES, auspiciado por la fundación W.K Kelogg.

Durante este proceso se elaboró un plan de desarrollo de la investigación y se fortaleció la Salud Familiar la cual ha merecido reconocimiento a nivel nacional y ha permitido el fomento y desarrollo de Programas de Extensión y proyección social hacia comunidades vulnerables. Actualmente la Facultad de Ciencias de la Salud maneja los programas de pregrado: Enfermería, Bacteriología, Tecnología Regencia en Farmacia, Administración de los Servicios de Salud modalidad a distancia, Especialización Gerencia Administrativa de Salud, Auditoria de la Calidad en Salud y Maestría en Salud Pública.

Mediante acuerdo No. 014 del 23 de julio 1984 se creó la Facultad de Ciencias Básicas, esta Facultad en principio sin programas propios, tuvo como objeto la prestación de servicios en las carreras de formación profesional de las otras facultades.  Posteriormente mediante el Acuerdo 0047, del 6 de diciembre de 1993, se adopta la Estructura Interna de la Universidad, y la Facultad de Ciencias queda integrada por los Departamentos de: Matemáticas y Física, Biología, Química y Acuicultura. Este Acuerdo es aprobado por el Ministerio de Educación Nacional mediante Decreto 2619 de 1993.

En 1987 se crea el programa de Acuicultura, cuya sede es el INSTUL en el municipio de Lorica, adscrito inicialmente a la Facultad de Ciencias, posteriormente fue trasladado al campus central en la ciudad de Montería y adscrito en 1998 a la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia. Hoy la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia desarrolla además de los pregrados MVZ y Acuicultura, la Especialización en Producción Bovina Tropical, la Maestría en Microbiología Tropical y en Ciencias Veterinarias del Trópico y los doctorados en Microbiología y Salud Tropical y el doctorado en Medicina Tropical.  Además, ofrece los servicios a los productores del campo de la Clínica Veterinaria para grandes y pequeños animales y el Programa permanente de Clínicas ambulatorias en campo para grandes animales al igual que el programa Radial “Cuadernos del Campo”, el cual se emite por nuestra Emisora Institucional ofreciendo información técnica, científica en temas de producción agropecuaria, ganadería y salud pública a las comunidades del departamento de Córdoba y de la zona del Urabá Antioqueño.

Como respuesta de la universidad a los procesos de democratización y descentralización de la educación superior en el país y como proyección social de la universidad en la década del 90 se puso en marcha el Centro Regional de Educación a Distancia (CREAD), el cual en el año 1998 se transforma en el Instituto de Educación Superior a Distancia (IDESAD), en el año 2004 se convierte en Oficina de Educación Semipresencial y a Distancia – ODESAD y en el año 2010 se convierte en división.

Con la promulgación de la Ley 30 de 1992, que organiza el Servicio Público de la Educación Superior, se establece:
Artículo 19: “Son Universidades . . . las Instituciones que acrediten su desempeño con criterio de universalidad en las siguientes actividades: La investigación científica o tecnológica. . . “

Artículo 20: El Ministro de Educación Nacional, previo concepto favorable del Consejo Nacional de Educación Superior (CESU), podrá reconocer como Universidad . . . a las Instituciones Universitarias que dentro de un proceso de acreditación demuestren tener:
a)    Experiencia en investigación científica de alto nivel.
b)    Programas académicos y además programas en ciencias básicas que apoyen a los primeros.
Artículo 21: “Solamente podrán ser autorizados por el MEN para ofrecer programas de Maestrías, Doctorados y Post-doctorados otorgar los respectivos títulos, previo concepto del (CESU), aquellas Universidades que satisfagan los requisitos contemplados en los artículos 19 y 20″.

Con fundamento en lo anterior la Universidad toma conciencia de la importancia que tiene la Facultad de Ciencias y amparada en el artículo 29 de la Ley 30 de 1992, asume el compromiso de fortalecerla mediante la creación y desarrollo de programas académicos propios. Su primer programa adscrito fue el programa de Acuicultura a nivel tecnológico.

A partir de 1993 la universidad se compromete con sus egresados, principalmente, a ofrecerles estudios de posgrado, inicialmente en convenio con otras universidades hasta llegar a construir sus programas propios. En el presente se puede mencionar la consolidación de la oferta de programas de posgrados; las diferentes facultades ofrecen hoy 8 especializaciones, 11 maestrías y 3 doctorados, lo cual contribuye al progreso social, económico y cultural del departamento de Córdoba y su área de influencia (Antioquia, Sucre y demás departamentos del Caribe Colombiano).

Es así, como la universidad se vincula directamente con el entorno, haciendo presencia con programas educativos en los diferentes municipios y zonas de influencia. El Consejo Superior Universitario, mediante Acuerdos 045 del 31 de octubre de 1989 y 0005 de febrero 2 de 1994 aprobó el diseño curricular del programa Licenciatura en Educación Infantil en las metodologías semipresencial y a distancia en los municipios que lo requerían, este programa es adscrito a la Facultad de Educación y Ciencias Humanas y administrado por el IDESAD. Posteriormente, el Consejo Superior mediante el Acuerdo 0018 del 16 de abril de 1997, aprueba definir los énfasis del programa de acuerdo con las áreas establecidas en la Ley General de Educación así: Ciencias Naturales y Educación Ambiental; Ciencias Sociales y Comunidad; Educación Artística; Educación Ética y Valores; Educación Física, Recreación y Deportes; Humanidades, Lengua Castellana e Inglés; Matemáticas y Tecnología e Informática.

Para el desarrollo semipresencial y a distancia de esta Licenciatura se establecen convenios de cooperación interinstitucional entre la Universidad de Córdoba y los municipios o sedes donde se implementa y desarrolla el programa; de esta manera, se materializa la cobertura de distintas zonas geográficas del departamento de Córdoba y de otros departamentos o regiones.  El programa es ofrecido en los  Centros Universitarios Zonales (CUZ) de los municipios de Ayapel, Cereté, Canalete, Chinú, Lorica, Montería, Moñitos, Momil, Montelíbano, Purísima, Pueblo Nuevo, San Carlos, San Andrés de Sotavento, San Bernardo del Viento, San Pelayo, Tierralta, Valencia, Puerto Escondido, Los Córdobas, Ciénaga de Oro, Tierralta,  Lorica, resguardo Indígena de San Andrés, Nechí (Antioquia), Zaragoza (Antioquia), Simití (Bolívar) Sabanalarga (Atlántico), San Pedro de Urabá (Antioquia), San Juan (Antioquia).

Para el desarrollo semipresencial y a distancia de esta Licenciatura se establecen convenios de cooperación interinstitucional entre la Universidad de Córdoba y los municipios o sedes donde se implementa y desarrolla el programa; de esta manera, se materializa la cobertura de distintas zonas geográficas del departamento de Córdoba y de otros departamentos o regiones.  El programa es ofrecido en los  Centros Universitarios Zonales (CUZ) de los municipios de Ayapel, Cereté, Canalete, Chinú, Lorica, Montería, Moñitos, Momil, Montelíbano, Purísima, Pueblo Nuevo, San Carlos, San Andrés de Sotavento, San Bernardo del Viento, San Pelayo, Tierralta, Valencia, Puerto Escondido, Los Córdobas, Ciénaga de Oro, Tierralta,  Lorica, resguardo Indígena de San Andrés, Nechí (Antioquia), Zaragoza (Antioquia), Simití (Bolívar) Sabanalarga (Atlántico), San Pedro de Urabá (Antioquia), San Juan (Antioquia).

En 1994 se inició el programa de Ingeniería de Alimentos en el campus de Berástegui, adscrito a la Facultad de Ciencias Agrícolas. Se aprobó por el ICFES el programa de licenciatura en Informática Educativa y Medios Audiovisuales, adscrito a la Facultad de Educación y dirigido por el Departamento de Informática. En 1996 se inició el programa de Cultura Física, con énfasis en Recreación y Deportes, adscrito a la Facultad de Educación; en 1997 se ofrecieron los programas de Geografía y Español y Literatura, el primero adscrito a la Facultad de Ciencias Básicas y el segundo a la Facultad de Educación.

Marca un hito este año de 1994 la aparición de la Revista de divulgación científica MVZ Córdoba, editada por la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia y que durante 21 años ha mantenido su edición anual, apareciendo clasificada desde el año 2008 en el Publindex nacional en Categoría A1 e indexada en más de 100 bases de Datos internacionales.

La Facultad de Ciencias e Ingenierías se convierte en Facultad de Ciencias Básicas. Se conforma la Facultad de Ingenierías con la incorporación de los programas de Ingeniería Industrial, Ingeniería Mecánica, Ingeniería Ambiental, Ingeniería de Sistemas, Ingeniería Química (próxima a ofertar) y se adscribe a ella el Programa de Ingeniería de Alimentos y el programa de Administración en Finanzas y Negocios Internacionales, en el año 2014 este último programa es adscrito a la nueva Facultad de Ciencias Económicas, Jurídicas y Administrativas; hoy además de los anteriores programas de pregrado desarrolla la Especialización en Gerencia Empresarial, Administración Total de la Calidad e Higiene y Seguridad Industrial y la Maestría en Ciencias Agroalimentarias.

En el año 1996 se ofrece la Tecnología en Administración de los Servicios de Salud, en convenio con la universidad de Cartagena; en 1999 se ofrece la Tecnología en Mercadeo Agropecuario en convenio con la universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia, Tecnología en Sistemas de Información, Administración de Empresas Turísticas y Administración Financiera en convenio con la universidad del Tolima.

Como respuesta de la universidad a los procesos de democratización y descentralización de la educación superior en el país y como proyección social de la universidad en la década del 90 se puso en marcha el Centro Regional de Educación a Distancia (CREAD), el cual en el año 1998 se transforma en el Instituto de Educación Superior a Distancia (IDESAD), en el año 2004 se convierte en Oficina de Educación Semipresencial y a Distancia – ODESAD y en el año 2010 se convierte en división.

En el año de 1998 se crea la Facultad de Ciencias Económicas, Jurídicas y Administrativas, mediante Acuerdo N° 0032 del Consejo Superior Universitario, modificatorio del acuerdo 0047 de 1993. En el año 2014 se designa el primer Decano para esta Facultad y se dispone adscribir a ella en ese mismo año el programa de Administración en Finanzas y Negocios Internacionales. Posteriormente, en el año 2015 se crea el programa de Derecho como respuesta a la obligación Constitucional de asegurar el acceso a quienes no tienen las condiciones de facilidad geográfica o económica para acceder al servicio educativo en esta área de conocimiento en el departamento de Córdoba.

En el año 2000 se crea el Instituto de Investigaciones Biológicas de Trópico IIBT en la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia, lo que refuerza los procesos de investigación en el área de la Salud Pública y las enfermedades infecciosas humanas y animales. El Instituto ha sido pilar en la investigación y ha generado los primeros hallazgos en Colombia de la presencia del virus Hanta y la circulación del Virus del Oeste del Nilo. Además, investiga sobre el comportamiento epidemiológico de enfermedades transmitida por vectores como dengue, Zika y Chikunguya. Este Instituto es el soporte de los Programas de Maestría y Doctorado que se ofrecen en la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia.

A partir de 2004 se inicia un proceso de replanteamiento de la Educación a Distancia en la Universidad de Córdoba y en 2005, se obtiene el Registro Calificado del Programa de Ingeniería de Sistemas y posteriormente se obtuvieron los Registros Calificados de Administración en Salud, Administración en Finanzas y Negocios Internacionales, Tecnología en Mercadeo Agro Industrial y Licenciatura en Ciencias Naturales. A partir del año 2008 se traslada a las respectivas facultades la administración de  los programas que  venían funcionando en el ODESAD, teniendo en cuenta la reglamentación interna   de que los programas debían ser administrados por una unidad académica debidamente reconocida en la estructura académico – administrativa de la Universidad: Facultades y Departamentos.

Actualmente el ODESAD administra los CUZ de Planeta Rica, Montelíbano, Sahagún, Lorica, Berástegui y los Ceres de Montería, Moñitos, Puerto Escondido y San Bernardo del Viento, en los cuales se ofertan los programas de Ingeniería de Sistemas, Administración de los servicios de salud, Administración en Finanzas y Negocios Internacionales, Licenciatura en Ciencias Naturales y Educación Ambiental y Licenciatura en Educación Infantil.

En desarrollo del mandato establecido en el Decreto 196 de 1971, el Decreto 765 de 1977 y la Ley 583 de 2000, se crea por el Consejo Superior Universitario en diciembre de 2015 el Consultorio Jurídico a solicitud de la Facultad de Ciencias Económicas, Jurídicas y Administrativas. El Consultorio Jurídico es un espacio de atención jurídica a personas de escasos recursos económicos; así mismo, el 6 de diciembre de 2016 se firmó el convenio interinstitucional entre la Universidad de Córdoba y la Bolsa de Valores de Colombia que pone en funcionamiento un Punto de la Bolsa de Valores de Colombia en la Universidad de Córdoba, adscrito al Programa de Administración en Finanzas y Negocios Internacionales. Los puntos de Bolsa son un espacio para recibir a los diferentes Inversionistas, Emisores, Sociedades Comisionistas de Bolsa, y demás personas interesadas en conocer acerca del Mercado de Valores Colombiano e invertir.

Actualmente, la Facultad de Ciencias Económicas, Jurídicas y Administrativas, oferta dos postgrados en convenio con la Universidad Tecnológica de Bolívar: la especialización en Planeación y Prospectiva y la especialización en Prospectiva y se encuentra en proceso para ofertar la Maestría Administración.